Problemet opstod fredag, da en gruppe uidentificerede personer åbnede ild mod shiamuslimer i nærheden af en moske i den nordvestlige by Parachinar, skriver ABC News.
De lokale myndigheder indførte straks udgangsforbud og bad militæret træde ind for at skabe ro, men der var stadig spredte kampe. Lørdag aften var mindst 40 personer blevet meldt dræbt, mens 83 er blevet såret.
- Folk fra begge sider ødelagde hinandens ejendomme fredag og lørdag, og der finder stadig sporadiske kampe sted, sagde Arbab Mohammed Arif Khan, der er minister for lov og orden i Pakistans halvautonome provinser, ifølge AP.
Han tilføjede, at myndighederne samarbejder med imamer fra begge grupper i forsøget på at skabe ro.
Pakistan har en lang tradition for sekterisk vold, men flertallet af sunni- og shiamuslimer lever i dag fredeligt sammen.